科学也在演化。从牛顿时代算起近代科学已有300余年的历史，这段科学可称为“第一种科学”，从本世纪70年代中叶算起，科学界和思想界又在蕴酿着另一种科学，我们称它为“第二种科学”，迄今它只有一个不很清楚的萌芽，至其展露头脚、结出丰硕果实，大概还需要100年时间，至其告一段落走向下一阶段，可能还需要300年。
这种划分的时间尺度是百年，空间尺度是全球；分期的标准不是各门科学的具体内容，而是居主导地位的科学方法论原则。“方法先行”的思想是从科学史总结出来的。培根是近代科学的倡导者，但他并不是科学家，他只“吹号”。他提出的实验方法和归纳逻辑成了近代科学方法论的重要一支。另一支由笛卡尔倡导，这就是人们常说的唯理论方法。
培根和笛卡尔都生活于近代科学全面兴起之前约100年。培根的方法与笛卡尔的方法结合起来构成近代科学完整的方法论体系，在这个体系中培根提供了物理学（广义的理解）方法或者叫经验方法，笛卡尔提供了数学方法。近代科学就是经验与数学相结合的产物。近代科学的这一套方法论还可以概括为还原论。还原论后来扩展到几乎所有领域，特别是扩展到生命科学，到19世纪末20世纪上半叶达到了顶峰。
从本世纪70年代开始，一种新的科学方法论在不知不觉中萌生，这就是有别于还原论的整体论或者叫机体论，我们更倾向于叫“逾层凌域分析方法论”。有趣的是，这种方法论虽然超前于科学实践，但与培根那时候不同，不仅仅是呐喊，从一开始伴随着对新方法呼吁就有一系列与之相匹配的影响不小的科学探索活动。但与主流科学相比，这种声音仍然是少数派。
后现代主义者提出的方法论虽然也讲“整体性”，但理解是相差很多的，一个是神秘的、思辨的，甚至是伪科学的，另一个是具体的、实证的、科学的。建设性的后现代为了避免反科学，尽力与科学结盟，为新科学指路，只可惜南辕北辙，由“返魅”得到的是鬼怪、玄学、灵学、伪科学，就是不是科学。表面上看后现代主义说的整体性华美、完整，但它与当今任何实证科学绝对不可通约，不可能与现实找到接合点。它的愿望也许是好的，但实际上无助于科学的进展。
后现代主义和世界性的反科学、伪科学浪潮都从外在方面批判了第一种科学，有的还对新科学作了一定程度的展望，这些对于我们认识科学的社会功能，对于改变科学自身的形象都有启示，可以把这些尝试视为从否定的方面对第二种科学的一种企盼。如果对这些人说，可能存在不同于目前科学的“第二种科学”，相当一批人会以为找到了知音，实际上貌合神离。
第二种科学也是理性的，是在第一种科学的基础上的发展，不是根本否定第一种科学，而是要超越它。第二种科学是“整体性的科学”，是关于复杂性的科学。目前已开始这方面的艰难探索，在国外有圣菲学派，中国有系统学学派等。对第二种科学的叫法也许不同，但实质差不多，都是在方法论上力求有发展，冲破学科壁垒，特别是化解文理科界限。第二种科学远未成熟，都不是特别正宗的“硬科学”。以非线性科学为例，它是典型的还原论科学的继续，但在发展中也不断超越还原论，目前它取得的成就首先还是第一种科学的成就，其次才是第二种科学的成就，更准确的说法是为第二种科学做准备。
 |
